A magyar-szlovák határtérség szereplői földrajzi elhelyezkedésüknél fogva a 2007-2013-as időszakban a következő programokban vehetnek részt:

Az európai transznacionális, határon átnyúló, inter-regionális együttműködések alapvető kerete a 2007-2013 időszakban az Európai Területi Együttműködés, mint 3. Célkitűzés. A sikeres programmegvalósításhoz jó alapot nyújt a 2004-2006 közötti Interreg Közösségi Kezdeményezési programok, Phare CBC, Credo és egyéb, kapcsolódó Phare intézményfejlesztési programok sikeres végrehajtásában az utóbbi 10 évben szerzett tapasztalat.

A határon átnyúló együttműködési programok pénzügyi keretei nyílt pályázati rendszerben kerülnek felhasználásra az egyenként meghatározott programterületeken, melyek meghatározása az érvényes Európai szabályozás szerint megyei (NUTSIII-szintű) területi alapon történt. A programdokumentumokban rögzített fejlesztési célok és beavatkozási területek mentén lehetséges az együttműködési tevékenységeket finanszírozni, figyelembe véve az egyéb fejlesztési célú támogatási programokat és rendszereket. Az egyes programok regionális fejlesztési jellegűek, de a regionális fejlesztésnek kizárólag azon területeit ölelik fel, ahol a nemzeti határokon átlépő együttműködések a főáramú fejlesztésekhez képest hozzáadott értéket hordoznak, illetve olyan közös problémákat céloznak megoldani, melyek gátolják a résztvevő országok kapcsolódó területei tekintetében az egymásra ható fejlesztések összehangolását, kölcsönös kihasználását. Ez lehetőséget nyújt a határmenti területek olyan fejlesztésére, mely enyhíti a helyi népesség helyenként fennálló gazdasági és társadalmi elszigeteltségét.

A projektek kiválasztásáról a programokat felügyelő és azok stratégiai döntéseit meghozó Közös Monitoring Bizottságok gondoskodnak, melyekben a résztvevő országok egyenlő arányban képviseltetik magukat, különös hangsúlyt helyezve a NUTSIII-as területi egységek által képviselt véleményekre és igényekre, melyekből a programterület felépül. A projektkiválasztás előre megállapodott és rögzített szempontok szerint történik, melyeket szintén ezek a Monitoring Bizottságok hagynak jóvá. Előre definiált projektek nem szerepelnek a programokban, így minden forrás nyílt pályázati rendszerben kerül felhasználásra.

 

A programok lebonyolítása egységes szerkezetben történik függetlenül az államhatárok által meghatározott területi megosztástól, közös projektek, közös döntéshozás és közös pénzügyi keretek alkalmazásával. Szemben a nemzeti és regionális programokkal az ETE együttműködés nem önálló adminisztratív struktúrákkal, önálló jogrendszerrel rendelkező területeken jön létre. Ezzel összefüggésben a programok határon átnyúló karaktere alapján részben közös intézményrendszerrel, megállapodásokban rögzített szabályok szerint járnak el a programok irányításában és lebonyolításában résztvevő intézmények.

Az EU Bizottság által megjelentetett Aide Memoire című dokumentum, hivatkozva a 2004-es bővítés előtt kiadott programozási irányelvekre, határozza meg, hogy az egyes Operatív Programok kialakítását ún. programozási munkacsoportok (Task Force bizottságok) létrehozásával kell biztosítani. 2005. második felében, illetve 2006. első félévében mindegyik tervezett operatív programban felállításra kerültek a programozási munkacsoportok. Az egyes programok tervezése közösen történt a programban részt vevő ország(ok) érintett kormányzati és megyei  szervezeteivel.