A program életének következő jelentős lépése a második pályázati felhívás meghirdetése, amelyre várhatóan 2009. júniusában kerül sor.
Az elmúlt alkalomhoz hasonlóan a második felhívás keretében is hozzávetőlegesen 60 millió euró kerül meghirdetésre, amelyre az eddigiek mellett három új intézkedésben is lehet pályázni. Együttműködés a KTF és az innováció terén, az egészségügyi létesítmények közös fejlesztése és összehangolt használata és a Határon átnyúló kommunikációs csatornák fejlesztése. A szükséges dokumentumok többsége már készen áll a meghirdetésre, de néhány változtatást még integrálnunk kell a rendszerbe az előző felhívás tapasztalataira építve. Ezek a változások jobb projektek, egy jobb értékelő rendszer és a jobb megvalósítási feltételeket célozzák.
A pályázati dokumentáció, az előző időszakhoz hasonlóan, hamarosan letölthető lesz a honlapunkról. Néhány változtatást itt is bevezetünk, hogy felhasználó-barátabbá tegyük, de a pályázóknak nem kell tartaniuk lényegi változásoktól. Továbbá a pályázási időszak is meghosszabbításra kerül, hogy a partnerségek létrehozására és ezzel jobb minőségű projektek összeállítására több idő jusson.
A KSzT továbbra is elkötelezett, hogy legmegfelelőbb környezetet próbálja biztosítani a legjobb projektek kiválasztásához, amelyek valóban hozzáadott értéket hordoznak és az együttműködési programra pozitív hatással vannak.
Az itt látható táblázat néhány számszerűsíthető adatot, eredményt tartalmaz, amelyet a Titkárság elért a magyar-szlovák nyílt pályázati felhívás adminisztratív jellegéhez kapcsolódóan. A táblázat alapértékéül az előző időszak, a HU-SK-UA 2004-2006 program keretében meghirdetett nyílt pályázati felhívás értékei szolgáltak.