Az időközi értékelés intézményének kezdete az 1994-1999 időszakra nyúlik vissza, amikor is a futó programok egy külső szakértő által végzett értékeléssel szerettek volna visszajelzést kapni arra vonatkozólag, hogy az alapokból származó támogatás felhasználása mennyire eredményes és hatékony.
Az értékelés vizsgálja azt az intézményrendszert is, amely a lebonyolításért felel. Megvizsgálja, hol lehetne hatékonyabbá, gördülékenyebbé tenni a rendszert. Probléma észlelésekor pedig javaslatot tesz arra, hogy hol, mikor és milyen változásokat lenne célszerű alkalmazni. Az első időközi értékelés tapasztalatait felhasználva a 2000-2006-os periódusban is végrehajtották ezt. Majd a mostani 2007-2013 programozási időszakban pedig már az Európai Bizottság rendeletbe foglalta az értékelési kötelezettséget. A 1083/2006/EK rendelet kimondja, hogy ezekre a stratégiai értékelésekre a programozási időszak előtt, közben és után is sort kell keríteni. Meg kell vizsgálni valamely program vagy program csoport alakulását a közösségi és nemzeti prioritások viszonylatában. Az eredményekről pedig tájékoztatni kell az operatív program monitoring bizottságát és az Európai Bizottságot is.
A HU-SK program idéntől fog eleget tenni ennek a bizottsági rendeletnek. A magyar-román programmal közösen indítja el az időközi értékelés folyamatát. A két program felépítésében és szabályrendszerében sok hasonlóságot mutat, így az értékelés lebonyolítása költséghatékonyabban valósulhat meg.
Az értékeléstől a Titkárság azt várja, hogy praktikus és a működést hatékonyabbá tevő javaslatokat tesznek az értékelők. Vizsgálandó a források célba juttatásának módján felül az is, hogy a 2007-ben felállított célrendszer, melynek megvalósulása érdekében kell a forrásokat felhasználni, milyen mértékben teljesül az eddigi tevékenységek alapján, illetve szükség van-e finomhangolásra e tekintetben az az óta feltérképezhető regionális trendek alapján. Ezt a munkát csak egy nemzetközi szakértői csapat tudja megfelelően ellátni, melynek érdekében nyílt közbeszerzés kiírására kerül sor.