Operačný program je základným dokumentom schvaleným Európskou komisiou, na základe ktorého sa zahájil samotný program. Dokument obsahuje stratégie a ciele programu podporené analýzou dotknutých regiónov a k nim priradené priority a opatrenia. Okrem toho definuje rámec finančnej alokácie, základný inštitucionálny systém implementácie a všeobecný opis procesov.