V júni 2009 v rámci cezhraničnej cyklotúry HU-SK bola na tlačovej konferencii v Komárne oficiálne vyhlásená 2. výzva na predkladanie projektov, v rámci ktorej bolo možné predkladať projekty do konca septembra 2009.
Dňa 29. septembra 2009 uplynula lehota na podávanie žiadostí v rámci prvej priority, 30. 9. bol termín uzávierky pre 2. prioritu. Žiadatelia mohli predložiť projekty osobne alebo ich zaslať poštou. Po spracovaní dokumentov pracovníkmi sekretariátu bolo zaregistrovaných 270 projektových žiadostí.
Po formálnej kontrole boli vyžiadaní vedúci partneri 237 projektov, aby doplnili nedostatky a chýbajúce dokumenty v stanovenej lehote. Momentálne sú doručené dokumenty v štádiu spracovania a kontroly. Ukončenie kontroly doplnenia chýbajúcich dokumentov sa očakáva začiatkom januára 2010.
Počet projektových žiadostí podľa jednotlivých opatrení:
Po formálnej kontrole boli vyžiadaní vedúci partneri 237 projektov, aby doplnili nedostatky a chýbajúce dokumenty v stanovenej lehote. Momentálne sú doručené dokumenty v štádiu spracovania a kontroly. Ukončenie kontroly doplnenia chýbajúcich dokumentov sa očakáva začiatkom januára 2010.
V rovnakom období, v polovici októbra boli predložené do druhého kola prvej výzvy, tzv. projektové zámery. Tieto projekty boli na základe rozhodnutia Spoločného monitorovacieho výboru v apríli schválené na ďalšie rozpracovanie už v kompletnej projektovej žiadosti. Tieto v dvoch fázach vypracované projekty sú investičné projekty väčšieho rozsahu. Žiadatelia mali na prípravu týchto projektov viac ako šesť mesiacov. Zložitosť projektov a časovo náročné získavanie investičných licencií boli dôvodom takého zdĺhavého obdobia. Z celkového počtu 14 predložených projektových zámerov prešlo hodnotením kritérií oprávnenosti bezproblémovo 1, 13 je navrhnutých na doplnenie. Pri hodnotení týchto investičných projektov sa bude postupovať obdobne ako pri vyššie uvedených jednokolových žiadostiach.