Začiatky procesu priebežného odborného hodnotenia implementácie programov spadajú do obdobia 1994-1999, kedy boli bežiace EÚ programy prvýkrát hodnotené nezávislými externými hodnotiteľmi.
Išlo o hodnotenie efektivity a hospodárnosti implementácie programov. Takéto externé hodnotenie skúma aj inštitucionálny rámec, ktorý zodpovedá za realizáciu programov. Skúma kde a ako by sa dal tento systém zjednodušiť, zefektívniť a urýchliť. Pri zistení problémov dá návrh nato, kde, kedy a aké zmeny by mali byť uplatňované v záujme ďalšieho vylepšenia programov. Využívajúc prvé priebežné skúsenosti boli tieto hodnotenia vykonané aj za obdobie rokov 2000-2006. Následne, v súčasnom programovacom období v rokoch 2007-2013 Európska komisia zahrnula túto povinnosť realizovať externé hodnotenie do samostatného nariadenia. Nariadenie EK č.1083/2006 uvádza, že tieto strategické hodnotenia by sa mali uskutočniť pred, počas aj po ukončení programového obdobia. V rámci toho treba prešetriť programy, programové skupiny a ich vývoj vo vzťahu k spoločenským a národným prioritám. O výsledkoch treba následne informovať Monitorovací výbor operačného programu, ako aj Európsku komisiu.
Program HU-SK bude od tohto roku napĺňať toto nariadenie Komisie. Program HU-SK v kooperácii s maďarsko-rumunským programom spoločne spúšťajú priebežný hodnotiaci proces. Tieto dva programy majú v rámci pravidiel a štruktúry podobné aspekty, a teda vykonanie takéhoto spoločného hodnotenia bude efektívnejším a lacnejším riešením.
Od tohto hodnotenia Sekretariát očakáva, že hodnotitelia poskytnú návrhy na nové opatrenia, ktoré zabezpečia efektívnejšiu implementáciu Programu. Nad rámec sa napríklad skúma aj spôsob poskytovania zdrojov, v akom pomere sa toto poskytovanie uskutoční na základe doterajších skúseností, poprípade či je to potrebné v tomto smere niečo vylepšiť na základe zmapovaných regionálnych trendov. Túto prácu je schopná vykonať len medzinárodná odborná skupina, čo znamená, ktorá je vyberaná prostredníctvom otvorenýmho verejného obstarávania.